争，坦言福王伦序当立、“拥潞”或将开肇兵端，也不敢坚持自己的观点，站出来阐述自己对这一问题的认识，以打消众人对“拥嫡”的疑惧之心，而是畏首畏尾至于“引避不言矣”，最后竟搞出了一个试图两不得罪，不伦不类的“拥桂”方案。
这个“拥桂”方案，一不合伦序纲常，放着崇祯帝的亲堂兄弟不立，却去立崇祯帝的叔叔，虽然大家都是万历皇帝所出，但这样做置天启、崇祯二帝于何地？置福王于何地？驱之亦或杀之焉？因此其本质和“拥潞”并无太大的区别。
二是极度缺乏操作性，比之“拥潞”都不如。潞王朱常淓好歹和福王一样，都近在淮安，几天就可以到南京。而桂王却远在数千里之外的广西，一个来回几个月总是要的，到时候只怕这位桂王还没到南京，大顺军或清军早已兵临城下了。
在此一事中，史可法自见识和政治手段上看，虽然有所认识，但优柔寡断顾虑重重，并无一个卓越政治家的决断和魄力，不敢快刀斩乱麻安定局势，以至后来不得不出京避祸，空自丧失重整朝廷的大好时机；在确立国君的问题上，一遇阻力和反对，并无仗义执言之勇气，只求不得罪各方势力。这比之他老师左光斗，还是有些许差距的。
在凤阳“拥嫡”成为定局后，马士英率军五万，拥着福王朱由崧浩浩荡荡直奔仪真，福王在那里捎上史可法后往南京而去，马士英则率大军驻扎不动。
起用阮大铖
马士英起用阮大铖后，与东林党人和依附东林的前齐党高弘图等多有争执。部分东林党人于是结交明军将领左良玉，发动“清君侧”。而马士英等也以内战为优先考虑。就当双方大战于弘光元年 (1645)春时，建州伪豫亲王多铎率军南下，五月初，南京陷落，弘光朝廷灭亡。马士英南走浙江杭州、绍兴等地，奉着他的母亲假充皇太后，跑到方国安军里去，因此又生出来伪太后一案。最后入太湖投长兴伯吴日生军中继续抗贼，斗争失败后被建州军于太湖擒杀。一说马士英遁逃台州后，入四明山削发为僧，清兵剥其皮，实之以草，极为惨烈，却被东林称为“马瑶草生怀瑶死怀草”。可见后期部分东林党人的意气之争已经凌驾于民族国家之上。
在南京城破后，清军统帅多铎和宁死不降的弘光朝礼部主事黄端伯之间的一段对话颇能反映马士英的气节。黄端伯听说赵之龙、钱谦益等人献门率众投降，在城门大书数字“大明礼部仪制司主事黄端伯不降”因而被抓捕。在审问中：
多铎拍案叱喝：“你认为弘光帝是何种人物，想为他一死？”
黄端伯朗言：“皇帝圣明！”
多铎问：“马士英，又怎样呢？”
黄端伯：“马士英，忠臣也！”
多铎又可气又可笑，问：“马士英乃大奸臣，何得为忠？”
黄端伯说：“马士英不降，拥送太后入浙江，当然是忠臣。”他指着已经剃发易服的赵之龙等人说：“这些人才是不忠不孝之人。”
结局
正史说法：壮烈殉国
马士英在弘光朝覆灭后，被南明唐、鲁两王势力拒之门外，马士英于是盘桓于浙江一带，期间多次参与反清战役，直到在-一带最强大的抗清势力吴日生的部队兵败后，马士英亦遁入空门躲避清廷缉拿，后因叛徒出卖，被清廷抓获，最终不屈就义。顾诚先生在《南明史》也对马士英之死有详尽的记录描写：
清实录记载，顺治三年六月二十日，浙闽总督张存任疏报：副将张国勋等进剿太湖逆贼，擒获伪大学士马士英、长兴伯吴日生、主事倪曼青。捷闻，令斩士英，其有功将士，所司察叙”。蒋良骐《东华录》卷五，“（顺治三年）六月，浙闽总督张存仁疏报：副将张国勋进剿太湖逆贼，长兴伯吴日生、主事倪曼青俱被获，伪大学士马士英潜遁新昌县山内，都统汉岱追至台州，马士英属下总兵叶承恩等降，并报称马士英批剃为僧，即至寺拘获，并总兵赵体元，令斩之”。······ 马士英在唐、鲁两政权中几乎成了过街老鼠，他并没有因此就转投清方，而是尽力以抗清的实际行动改变自己过去的不佳形象。清方档案证明，马士英曾经多次参加渡钱塘江攻余杭、富阳以及会攻杭州之役。1646年六月浙东兵败，马士英逃入四明山削发为僧，被俘就义，实属难能可贵。
各种档案资料，和当世之人都很清楚知道马士英被俘就义而死，黄宗羲等人不敢直接否认马士英之死，而是在《明史》马士英传中这样写：
“士英与长兴伯吴日生俱擒获，诏俱斩之。事具国史······而野乘载士英遁至台州山寺为僧，为我兵搜获，大铖、国安父子先后降。寻唐王走顺昌。我大兵至，搜龙扛，得士英、大铖、国安父子请王出关为内应疏，遂骈斩士英、国安于延平城下。”
注意，马士英之死明明没有任何疑问，东林党人也承认是“事具国史”，却偏偏加一段“野史”，故意写马士英被俘后，大铖、国安父子投降，暗示马士英也同时投降了，随后清廷发现马士英、阮大铖、国安父子有通敌文书，于是才将已经投降的马士英等人杀害。杀害的地点居然是福建延平城（事实上马士英始终在浙江北部，和福建根本风牛马不相及）。
东林党人的流毒也确实有不少人中招，后世一些人人就由此认为马士英确实是投降被杀，如谢国桢先生在《明清之际党社运动考》一书直接沿袭投降说，道：“后来士英投降清朝，也被害了。” 且不论马士英生前到底是不是大奸臣，但是他已经以自己行动为大明朝英勇就义，我们至少连这一点不能否认，就算马士英再不济，也不能让他在杀身成仁做了烈士后仍让他蒙受不白之冤。
其实为人冤枉的，当时又何止马士英一人。弘光朝覆灭，大臣殉难的有高卓、张捷、杨维桓等，其中张捷、杨维桓是东林党人口中所谓逆党分子，然而二人均在南京城破时自杀殉国。尤其杨维桓，是全家老小一起死节，但是他和马士英一样，在阖家死难殉国后竟然被人污蔑为杀妾潜逃而遭乱兵殴打致死。
野乘之说：寿终正寝
近些年，有学者根据明末清初诸多稗官野史的记载，考证出马士英并不如《明史》所载在南明弘光政权灭亡后死于清军之手，而是隐居存活了二十载，生前最后六年是在江西青云圃道院同八大山人一同度过的。
马士英在正史中最后出现，是1646年。《明史·马士英传》中这样写道：“南明弘光
这个“拥桂”方案，一不合伦序纲常，放着崇祯帝的亲堂兄弟不立，却去立崇祯帝的叔叔，虽然大家都是万历皇帝所出，但这样做置天启、崇祯二帝于何地？置福王于何地？驱之亦或杀之焉？因此其本质和“拥潞”并无太大的区别。
二是极度缺乏操作性，比之“拥潞”都不如。潞王朱常淓好歹和福王一样，都近在淮安，几天就可以到南京。而桂王却远在数千里之外的广西，一个来回几个月总是要的，到时候只怕这位桂王还没到南京，大顺军或清军早已兵临城下了。
在此一事中，史可法自见识和政治手段上看，虽然有所认识，但优柔寡断顾虑重重，并无一个卓越政治家的决断和魄力，不敢快刀斩乱麻安定局势，以至后来不得不出京避祸，空自丧失重整朝廷的大好时机；在确立国君的问题上，一遇阻力和反对，并无仗义执言之勇气，只求不得罪各方势力。这比之他老师左光斗，还是有些许差距的。
在凤阳“拥嫡”成为定局后，马士英率军五万，拥着福王朱由崧浩浩荡荡直奔仪真，福王在那里捎上史可法后往南京而去，马士英则率大军驻扎不动。
起用阮大铖
马士英起用阮大铖后，与东林党人和依附东林的前齐党高弘图等多有争执。部分东林党人于是结交明军将领左良玉，发动“清君侧”。而马士英等也以内战为优先考虑。就当双方大战于弘光元年 (1645)春时，建州伪豫亲王多铎率军南下，五月初，南京陷落，弘光朝廷灭亡。马士英南走浙江杭州、绍兴等地，奉着他的母亲假充皇太后，跑到方国安军里去，因此又生出来伪太后一案。最后入太湖投长兴伯吴日生军中继续抗贼，斗争失败后被建州军于太湖擒杀。一说马士英遁逃台州后，入四明山削发为僧，清兵剥其皮，实之以草，极为惨烈，却被东林称为“马瑶草生怀瑶死怀草”。可见后期部分东林党人的意气之争已经凌驾于民族国家之上。
在南京城破后，清军统帅多铎和宁死不降的弘光朝礼部主事黄端伯之间的一段对话颇能反映马士英的气节。黄端伯听说赵之龙、钱谦益等人献门率众投降，在城门大书数字“大明礼部仪制司主事黄端伯不降”因而被抓捕。在审问中：
多铎拍案叱喝：“你认为弘光帝是何种人物，想为他一死？”
黄端伯朗言：“皇帝圣明！”
多铎问：“马士英，又怎样呢？”
黄端伯：“马士英，忠臣也！”
多铎又可气又可笑，问：“马士英乃大奸臣，何得为忠？”
黄端伯说：“马士英不降，拥送太后入浙江，当然是忠臣。”他指着已经剃发易服的赵之龙等人说：“这些人才是不忠不孝之人。”
结局
正史说法：壮烈殉国
马士英在弘光朝覆灭后，被南明唐、鲁两王势力拒之门外，马士英于是盘桓于浙江一带，期间多次参与反清战役，直到在-一带最强大的抗清势力吴日生的部队兵败后，马士英亦遁入空门躲避清廷缉拿，后因叛徒出卖，被清廷抓获，最终不屈就义。顾诚先生在《南明史》也对马士英之死有详尽的记录描写：
清实录记载，顺治三年六月二十日，浙闽总督张存任疏报：副将张国勋等进剿太湖逆贼，擒获伪大学士马士英、长兴伯吴日生、主事倪曼青。捷闻，令斩士英，其有功将士，所司察叙”。蒋良骐《东华录》卷五，“（顺治三年）六月，浙闽总督张存仁疏报：副将张国勋进剿太湖逆贼，长兴伯吴日生、主事倪曼青俱被获，伪大学士马士英潜遁新昌县山内，都统汉岱追至台州，马士英属下总兵叶承恩等降，并报称马士英批剃为僧，即至寺拘获，并总兵赵体元，令斩之”。······ 马士英在唐、鲁两政权中几乎成了过街老鼠，他并没有因此就转投清方，而是尽力以抗清的实际行动改变自己过去的不佳形象。清方档案证明，马士英曾经多次参加渡钱塘江攻余杭、富阳以及会攻杭州之役。1646年六月浙东兵败，马士英逃入四明山削发为僧，被俘就义，实属难能可贵。
各种档案资料，和当世之人都很清楚知道马士英被俘就义而死，黄宗羲等人不敢直接否认马士英之死，而是在《明史》马士英传中这样写：
“士英与长兴伯吴日生俱擒获，诏俱斩之。事具国史······而野乘载士英遁至台州山寺为僧，为我兵搜获，大铖、国安父子先后降。寻唐王走顺昌。我大兵至，搜龙扛，得士英、大铖、国安父子请王出关为内应疏，遂骈斩士英、国安于延平城下。”
注意，马士英之死明明没有任何疑问，东林党人也承认是“事具国史”，却偏偏加一段“野史”，故意写马士英被俘后，大铖、国安父子投降，暗示马士英也同时投降了，随后清廷发现马士英、阮大铖、国安父子有通敌文书，于是才将已经投降的马士英等人杀害。杀害的地点居然是福建延平城（事实上马士英始终在浙江北部，和福建根本风牛马不相及）。
东林党人的流毒也确实有不少人中招，后世一些人人就由此认为马士英确实是投降被杀，如谢国桢先生在《明清之际党社运动考》一书直接沿袭投降说，道：“后来士英投降清朝，也被害了。” 且不论马士英生前到底是不是大奸臣，但是他已经以自己行动为大明朝英勇就义，我们至少连这一点不能否认，就算马士英再不济，也不能让他在杀身成仁做了烈士后仍让他蒙受不白之冤。
其实为人冤枉的，当时又何止马士英一人。弘光朝覆灭，大臣殉难的有高卓、张捷、杨维桓等，其中张捷、杨维桓是东林党人口中所谓逆党分子，然而二人均在南京城破时自杀殉国。尤其杨维桓，是全家老小一起死节，但是他和马士英一样，在阖家死难殉国后竟然被人污蔑为杀妾潜逃而遭乱兵殴打致死。
野乘之说：寿终正寝
近些年，有学者根据明末清初诸多稗官野史的记载，考证出马士英并不如《明史》所载在南明弘光政权灭亡后死于清军之手，而是隐居存活了二十载，生前最后六年是在江西青云圃道院同八大山人一同度过的。
马士英在正史中最后出现，是1646年。《明史·马士英传》中这样写道：“南明弘光
